作为洛阳城东的瀍河回族区历史上曾是多个朝代的京畿之地，有着底蕴深厚的悠久文化历史。公元前十一世纪，周武王灭商，建立西周王朝后，到周成王时（周公据卜辞吉兆，于瀍河下游两岸勘定），在瀍河东西分别建筑两个城堡，西为王城（今王城公园附近），距瀍河6千米；东为成周城（今白马寺镇东约1.5千米），距瀍河9千米，今日的瀍河回族区所辖区域就处在二城之间的交通要地。从1963年在辖区北窑一带发掘出的西周贵族墓葬和1974年在辖区五股路东发掘的西周铜作坊来看，瀍河辖区就是西周东都的重要组成部分。

公元前770年，平王迁都于洛邑，史称东周，辖区为京畿要地。

公元前249年，秦建三川郡，郡荥阳，后迁洛阳，辖区属河南郡。

公元25年，光武帝刘秀在推翻王莽“新”朝之后，定都洛阳，辖区为京畿之地。

公元220年，曹魏文帝（曹丕）建都于洛阳，辖区为京畿之地。

公元265年，武帝（司马炎）建都洛阳，辖区为京畿之地。

公元483年，北魏孝文帝迁都洛阳，辖区为京畿之地。

公元605年，隋炀帝在洛阳营建东都城。次年3月，隋炀帝下令把原洛阳城的居民和全国各地富商大贾迁徒到洛阳城居住，使辖区由农业区转化为东都城的一个重要居民区，有25个里坊和1个市场，约居住5万户，25万多人，并在城北（今瀍西街道办事处所辖古仓街北端）营造含嘉仓城，是隋王朝贮粮大仓库。

公元960年，进入北宋，国都开封，洛阳成了陪都，并称西京，后女真族建立的金朝和北宋，也迁都开封，仍以洛阳为陪都，号称中京，辖区为洛阳县。

元、明、清三个朝代，洛阳的政治地位，始降为特殊郡县，再降为一般郡县，辖区成为郡县城的东关地区，并从元代开始逐渐形成回族人聚居区。

民国时期，辖区属洛阳县一区、二区管辖。

1948年3月、4月中国人民解放军陈庚率团两次攻克洛阳，瀍河的人民群众获得解放。辖区的东关、北窑、北关、马坡划为市第三区，区政府设在东关(原东关派出所院内)，后迁到洛阳东站。

1949年2月第三区与南关、西关合并为第二区，区政府驻老城区东新安街。

1950年撤销区建制，所属乡镇改属市郊区，街道直属市政府。

1951年10月，恢复区建制，辖区隶属第二区。

1952年成立民族乡，管辖自然村的农业生产。

1953年，瀍东回族自治区(乡级)成立，从二区中分出，机关驻东关大街。7月，洛阳市二区召开人民代表大会，这次代表大会列为瀍河回族区第一届人民代表大会。

1954年3月，二区划归洛阳市郊区。

1955年7月，一、二区合并为老城区，原辖爽明街办事处、新安街办事处、瀍东回族自治区和民族乡归老城区管辖。

1956年12月，老城区召开第二届人民代表大会，这次代表大会列为瀍河回族区第二届人民代表大会。

1957年7月，市委决定，市第二届人民代表大会通过，筹建瀍河回族区，11月15日经中华人民共和国国务院批准，成立洛阳市瀍河回族区。下辖瀍东回族自治区（乡级）、民族乡、爽明街办事处、新安街办事处。

1958年4月，瀍河回族区召开建区首届人民代表大会（按基础序列为瀍河回族区第三届人民代表大会）。9月，民族乡撤销，成立政社合一的红旗人民公社。12月，市委、市人委决定，瀍河回族区改为瀍河人民公社，郊区白马寺公社划为瀍河人民公社领导。瀍东回族自治区更名为北窑街道。

1959年2月，撤销东关、新安街、北窑3个街道，建立瀍东、瀍西两个管理区。6月，市对区建制进行调整，恢复瀍河回族区人民委员会，瀍河公社名称继续保留。8月，撤销红旗人民公社，建立农业管理区、蔬菜管理区。9月，撤销瀍河人民公社，恢复瀍河回族区建制。

1962年7月，建立东关、东站、北窑、五股路4个街道，白马寺人民公社划归郊区。

1963年1月，建立洛阳市瀍河回族区业余教育委员会。12月，东站办事处更名为瀍西街道办事处。

1966年“文化大革命”开始，8月，区直和下属各单位相继成立“文化大革命领导小组”。1968年4月10日，召开瀍河回族区革命委员会（简称区革委会）成立大会，以区革委会取代区政府，所辖农业归郊区。这次会议列为瀍河回族区第六届人民代表大会。

1970年2月，区革委会党的核心领导小组成立。12月，成立塔湾街道办事处。

1971年6月16日，召开第一次党代会，选举产生中共瀍河回族区委员会。9月，区机关迁到民族路14号。

1972年9月，恢复区计划生育委员会。

1977年7月，杨文办事处成立。9月，全国恢复大专院校考试招生制度，区建立高招办公室。

1980年8月，召开区第七届人民代表大会，选举产生区人民代表大会常务委员会，并决定取消革委会名称，恢复瀍河回族区人民政府。

1983年5月，区成立地方志编纂委员会，下设办公室。

1984年6月，成立政协瀍河回族区委员会筹备小组，6月28日，区成立聋哑人协会。7月2日，区政协首次会议开幕，历时9天。

1985年5～7月，区6个街道办事处先后建立人民武装部。7～9月，区先后与南京市雨花台区、西宁市城东区结成友好区。12月，区召开第二次党代会，选举产生中共瀍河回族区纪律检查委员会。

2000年6月，洛阳市区划调整，由洛龙区管辖的瀍河回族乡划归瀍河回族区管辖。

2005年9月，华林办事处成立。

2007年7月，洛阳市区划调整，由洛龙区白马寺镇管辖的马沟村、拦沟村、吕庙村、十里铺村交付瀍河回族区杨文办事处管理。